IV107 Bioinformatika I

Fakulta informatiky
jaro 2012
Rozsah
2/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jan Flasar, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 8:00–9:50 B411, Po 10:00–11:50 B116
Předpoklady
Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Nový předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky).
Absolvováním předmětu student získá nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači; pochopí a dokáže aplikovat vybrané přístupy k manipulaci bioinformatických dat.
Osnova
  • Historie a zaměření bioinformatiky
  • Základy molekulární biologie
  • Organizace živé hmoty
  • Struktura a funkce DNA
  • Struktura a funkce proteinů
  • Evoluce na úrovni genů a proteinů
  • Data v bioinformatice
  • Generování dat
  • Běžné formáty dat
  • Veřejná sekvenční data a přístup k nim
  • Analýza sekvence DNA
  • Analýza sekvencí proteinů
  • Hodnocení a vyhledávání podobnosti
  • Strukturní a funkční data
  • Jiná data a analýzy
  • Práce s expresními daty
  • Štěpení proteinů a hmotnostní spektra
  • Analýza dat v literatuře
  • Počítačová cvičení (4x): Zdroje dat, podobnostní vyhledávání, zobrazování molekul
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • Fundamental concepts of bioinformatics. Edited by Dane E. Krane - Micheal L. Raymer. [1st ed.]. San Francisco: Benjamin Cummings, 2003, xiii, 314. ISBN 0-8053-4633-3. info
Výukové metody
přednášky, počítačová cvičení
Metody hodnocení
V průběhu semestru absolvují studenti jeden kontrolní test. Předmět bude ukončen písemní zkouškou.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/iv107.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.