Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2006
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Rozvrh
St 8:00–9:50 BR2
  • Rozvrh seminárních/paralelních skupin:
Bi5000/01: St 10:00–10:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/02: St 11:00–11:50 COMPBR, R. Pantůček
Bi5000/03: St 12:00–12:50 COMPBR, R. Pantůček
Předpoklady
Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020, B4030, B3120 nebo B7940).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).
Osnova
  • Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (PubMed, WOS). Sekvencování DNA, metody analýzy genomů. Manipulace se sekvenčními daty (převody formátů sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů). Stanovení podobnosti sekvencí (dot-plot, BLAST, Fasta). Mnohonásobné porovnávání sekvencí (ClustalW). Srovnávací genomika. Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Analýza sekvencí proteinů, databáze konzervativních domén proteinů. Funkční genomika. Predikce sekundární struktury RNA. Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).
Literatura
  • Viz webová stránka předmětu.
  • Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
  • Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info
Metody hodnocení
Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.