PřF:C9530 Strukturní biochemie - Informace o předmětu
C9530 Strukturní biochemie
Přírodovědecká fakultapodzim 2006
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Fadrná, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející) - Garance
- prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. - Rozvrh
- Pá 9:00–10:50 C04/211
- Předpoklady
- Kurz je určen studentům biochemie a příbuzných oborů (molekulární biologie, bifyzika) a všem zájemcům o moderní metody určování struktur biomakromolekul.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Cíle předmětu
- Cílem přednášky je poskytnout základní informace o určování struktury biomakromolekul (zejména proteinů a nukleových kyselin). Je koncipována jako obecný přehled určený studentům, kteří se nechtějí v tomto oboru specializovat, ale může posloužit i jako úvod k pokročilým kurzům strukturní analýzy. Po úvodním přehledu základních strukturních motivů budou probírány metody určování trojrozměrné struktury makromolekul. Těžištěm kurzu bude výklad dvou základních technik - rentgenové strukturní analýzy a nukleární magnetické rezonanční spektroskopie. Budou popsány metody molekulové mechaniky a dynamiky používané k výpočtu struktur na základě experimentálních dat. Dále budou probrány molekulárně-biologické techniky používané při určování struktur proteinů. Posluchači budou též seznámeni s využitím databází struktur. Jednotlivé části kurzu budou přednášeny odborníky aktivně pracujícími v příslušné oblasti.
- Osnova
- 1-3. Pojem struktury makromolekul, základní strukturní motivy proteinů, nukleových kyselin, struktura sacharidů a membrán. 4-5. Výpočetní metody, molekulová mechanika a dynamika, simulované žíhání. 6. Sekvenace nukleových kyselin, metody genového inženýrství, exprese rekombinantních proteinů. 7. Základní charakterizace proteinů, metody optické a hmotnostní spektroskopie, sekvenace proteinů. 8-9. Rentgenová strukturní analýza. Příprava krystalů, difrakční experiment, metody řešení fázového problému, mapy elektronové hustoty, výstavba strukturního modelu. 10-11. Nukleární magnetická rezonance. Izotopové značení, NMR experiment, přiřazení frekvencí ve spektrech, určení geometrie (NOE, interakční konstanty), dynamika proteinů. 12. Databáze struktur, bioinformatika, počítačové předpovídání a modelování.
- Metody hodnocení
- "Ústní" zkouška se skládá ze dvou částí, praktických úkolů (řešených formou testu) a bezprostředně navazující ústní diskuse se zkoušejícím. Hodnocení vychází zejména (z 80 %) z praktické části. Během řešení praktických úloh a přípravy na diskusi je povoleno používat přinesenou literaturu, poznámky, informace z internetu, je však vyžadováno samostatné řešení. K přípravě na praktickou část slouží cvičení C9531. Studenti navštěvující cvičení C9531 nebudou zkoušeni z praktických úkolů, které úspěšně řešili v rámci testů během cvičení. Studenti s úspěšností alespoň 90 % v každém testu cvičení nebudou zkoušeni a budou z předmětu C9530 hodnoceni stupněm A.
- Informace učitele
- http://ncbr.chemi.muni.cz/~lzidek/C9530/C9530.html
Doporučuji účast v cvičení C9531, kde budou řešeny praktické úkoly, na kterých je založena zkouška. - Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (podzim 2006, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2006/C9530