C3210 Strukturní bioinformatika

Faculty of Science
Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
1/0/0. 1 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti strukturní bioinformatiky. Student se nejprve seznámí s rozdílem mezi informací obsaženou explicitně a implicitně v genomu. Dále získá přehled o reprezentaci 3-D struktury molekul v počítači. Bude seznámen se základními strukturními motivy bílkovin a nukleových kyselin, pozná aparát, který umožní 3-D strukturu předpovídat a ujasní si podmíněnost funkce biopolymerů jejich 3-D strukturou. Na závěr se pak obeznámí s možnostmi praktických aplikací výše uvedených postupů a znalostí pro návrhy nových biologicky aktivních molekul.
Syllabus (in Czech)
  • 1.Co je strukturní bioinformatika, definice předmětu. 2.Jak získat 3-D strukturu molekuly a molekulárního systému 3.Základní strukturní motivy v bílkovinách, struktura bílkovin 4.Základní strukturní motivy v nukleových kyselinách, struktura nukleových kyselin 5.Energie jako klíčový fenomén při předpovědi 3-D struktury 6.Molekulová mechanika 7.Řešení konformačního problému, konformační prohledávání 8.Ukládání 3-D dat v databázích, pdb formát 9.Homologní modelování a „threading“ 10.Molekulární komplexy, docking 11.Strukturní bioinformatika a návrhy biologicky aktivních látek 12.Návrhy léků na bázi receptoru a farmakoforu
Language of instruction
Czech
Further Comments
Course is no more offered.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2010 - only for the accreditation, Autumn 2008, Autumn 2009, Autumn 2010, Autumn 2011, Autumn 2011 - acreditation, Autumn 2012, Autumn 2013, Autumn 2014, Autumn 2015, Autumn 2016, autumn 2017, Autumn 2018, Autumn 2019, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023, Autumn 2024.