C2115 Practical Introduction to Supercomputing

Faculty of Science
Autumn 2011 - acreditation

The information about the term Autumn 2011 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
0/2. 2 credit(s). Type of Completion: k (colloquium).
Teacher(s)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (lecturer)
Mgr. Zora Střelcová, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
C2110 UNIX and programming
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
The capacity limit for the course is 42 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 0/42, only registered: 0/42, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/42
fields of study / plans the course is directly associated with
there are 29 fields of study the course is directly associated with, display
Course objectives (in Czech)
Předmět je primárně určen pro studenty věnující se výpočtům v oblasti biochemie, chemie i biofyziky (mateřský obor Chemoinformatika a bioinformatika). Cílem předmětu je zvýšení schopnosti studentů efektivně využívat dostupných výpočetních zdrojů a má za úkol rozvíjet základní znalosti ze skriptování ve smyslu analýzy získaných dat. Zároveň je ve výuce kladen důraz na praktickou aplikaci dostupného software, ať již komerčního, nebo vyvíjeného na Národním centru pro výzkum biomolekul.
Syllabus (in Czech)
  • Stručný úvod do UNIXu. Seznámení se s prostředím výpočetního clusteru (struktura, stavba, software) – cluster WOLF, registrace uživatelů do MetaCentra

  • Seznámení s prostředím MetaCentra, systém modulů, úvod do rozhraní na správu výpočetních úloh (torque, Pbspro) – Infinity.

  • Metodika testování použitelnosti software pro paralelní spouštění, efektivní správa výpočetních úloh; procvičování praktických úkolů v rozhraní Infinity na specifických výpočtech studentů

  • Analýza získaných dat, využití znalostí ze skriptování pro zjednodušení správy výpočetních úloh a násobné spouštění výpočtů

  • Diskuse praktických problémů

Teaching methods (in Czech)
bloková výuka v počítačové učebně
Assessment methods (in Czech)
závěrečný test
Language of instruction
Czech
Follow-Up Courses
Further comments (probably available only in Czech)
The course is taught annually.
The course is taught in blocks.
The course is also listed under the following terms Autumn 2011, Autumn 2012, Autumn 2013, Autumn 2014, Autumn 2015, Autumn 2016, autumn 2017, Autumn 2018, Autumn 2019, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023, Autumn 2024, Spring 2025.