C2137 Pokročilá chemoinformatika - seminář

Faculty of Science
Autumn 2011 - acreditation

The information about the term Autumn 2011 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
0/1. Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives
QSPR modelování: Návrh QSPR modelu avpro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.). Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů. Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Syllabus (in Czech)
  • QSPR modelování: Návrh QSPR modelu avpro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.).
    Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů.
    Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Literature
  • • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
  • • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
  • Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
  • Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
Teaching methods (in Czech)
řešení příkladů
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Spring 2008 - for the purpose of the accreditation, Autumn 2013, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2016, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023, Autumn 2024.