C2137 Pokročilá chemoinformatika - seminář

Faculty of Science
Spring 2008 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
0/1. Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
V semináři studenti získají praxi s nástroji pro zpracování 2D a 3D struktur molekuly. Dále si prakticky vyzkouší vytvoření QSAR modelu, jeho parametrizaci a cross-validaci. A poté se naučí pracovat rovněž s nástroji pro virtuální screening.
Syllabus (in Czech)
  • Práce s molekulou: Vyhledání 2D a 3D struktur v databázích molekul, zápis 2D struktury pomocí SMILES, vytvoření 3D struktur na základě 2D struktur, zjišťování geometrických charakteristik, superimpozice molekul
    OSAR modelování: Vytvoření, parametrizace a cross-validace QSAR modelu pro výpočet pKa
    Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock
Literature
  • 3D QSAR in drug design. Edited by Hugo Kubinyi - Gerd Folkers - Yvonne Connolly Martin. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1998, vi, 416. ISBN 0792347927. info
Teaching methods (in Czech)
řešení příkladů
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2011 - acreditation, Autumn 2013, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2016, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023, Autumn 2024.