FB830 Methods of Structural Biology

Faculty of Science
Autumn 2019
Extent and Intensity
3/2/0. 5 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Department of Condensed Matter Physics – Physics Section – Faculty of Science
Contact Person: doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Supplier department: Department of Condensed Matter Physics – Physics Section – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
Všeobecné povědomí o středoškolské matematice a geometrii. Goniometrické funkce, matice, vektorová algebra.
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurz seznámí studenty s teorií a metodami proteinové krystalografie, a kryo-elektronové mikroskopie. Součástí kurzu bude teoretický a počítačový seminář s praktickým předvedením výpočtu struktur z experimentálních dat. Studenti se dozvědí o využití těchto metod pro studium makromolekul a jejich komplexů.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Úvod, krystaly, symetrie a RTG záření
  • 2. Krystaly a symetrie, teorie rentgenové difrakce
  • 3. Teorie rentgenové difrakce krystaly I.
  • 4. Teorie rentgenové difrakce krystaly II.
  • 5. Intenzita signálu
  • 6. Řešení fázového problému
  • 7. Fáze
  • 8. Anomální rozptyly
  • 9. Molecular Replacement II., Laueho difrakce, zpřesňování strukturního modelu
  • 10. Elektronová mikroskopie biomolekul a jejich komplexů
  • 11.Klasifikace snímků a multivariantní analýza
  • 12. 3D rekonstrukce
Literature
  • Dennis Sherwood, Jon Cooper: Crystals, X-rays and Proteins: Comprehensive Protein Crystallography, Oxford University Press; 1st Ed., 2015
  • Joseph Goldstein, Dale E. Newbury, David C. Joy, Charles E. Lyman, Patrick Echlin (Author), Eric Lifshin, Linda Sawyer, J.R. Michael: Scanning Electron Microscopy and X-ray Microanalysis: Third Edition 3rd Edition, Springer, 2003
  • Donald E. Sands: Introduction to Crystallography (Dover Books on Chemistry), Dover Publications; Revised ed. 1994
Teaching methods (in Czech)
Účast na přednáškách, cvičení a samostudium (čtení kapitol z učebnice a vypracovávání domácích úkolů).
Assessment methods (in Czech)
Vypracování domácích úkolů, závěrečný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023, Autumn 2024.
  • Enrolment Statistics (Autumn 2019, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2019/FB830