FB830 Methods of Structural Biology

Faculty of Science
Autumn 2024
Extent and Intensity
3/2/0. 5 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Department of Condensed Matter Physics – Physics Section – Faculty of Science
Contact Person: doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Supplier department: Department of Condensed Matter Physics – Physics Section – Faculty of Science
Prerequisites
Všeobecné povědomí o středoškolské matematice a geometrii. Goniometrické funkce, matice, vektorová algebra.
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives
Kurz seznámí studenty s teorií a metodami proteinové krystalografie, a kryo-elektronové mikroskopie. Součástí kurzu bude teoretický a počítačový seminář s praktickým předvedením výpočtu struktur z experimentálních dat. Studenti se dozvědí o využití těchto metod pro studium makromolekul a jejich komplexů.
Learning outcomes
-
Syllabus
  • 1. Úvod, krystaly, symetrie a RTG záření
  • 2. Krystaly a symetrie, teorie rentgenové difrakce
  • 3. Teorie rentgenové difrakce krystaly I.
  • 4. Teorie rentgenové difrakce krystaly II.
  • 5. Intenzita signálu
  • 6. Řešení fázového problému
  • 7. Fáze
  • 8. Anomální rozptyly
  • 9. Molecular Replacement II., Laueho difrakce, zpřesňování strukturního modelu
  • 10. Elektronová mikroskopie biomolekul a jejich komplexů
  • 11.Klasifikace snímků a multivariantní analýza
  • 12. 3D rekonstrukce
Literature
  • Joseph Goldstein, Dale E. Newbury, David C. Joy, Charles E. Lyman, Patrick Echlin (Author), Eric Lifshin, Linda Sawyer, J.R. Michael: Scanning Electron Microscopy and X-ray Microanalysis: Third Edition 3rd Edition, Springer, 2003
  • Donald E. Sands: Introduction to Crystallography (Dover Books on Chemistry), Dover Publications; Revised ed. 1994
  • Dennis Sherwood, Jon Cooper: Crystals, X-rays and Proteins: Comprehensive Protein Crystallography, Oxford University Press; 1st Ed., 2015
Teaching methods
Účast na přednáškách, cvičení a samostudium (čtení kapitol z učebnice a vypracovávání domácích úkolů).
Assessment methods
Vypracování domácích úkolů, závěrečný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2019, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023.
  • Enrolment Statistics (recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2024/FB830