PřF:FB810 Probl. Issues Molec. Modeling

FB810 Problems and Issues of Molecular Modeling

Faculty of Science
Autumn 2020

Extent and Intensity

2/0/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: z (credit).

Teacher(s)

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (lecturer)

Guaranteed by

Prerequisites (in Czech)

C7790 Computat. Chem. and Molec. I
časté používání molekulového modelování

Course Enrolment Limitations

The course is offered to students of any study field.

Course objectives (in Czech)

Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.

Syllabus (in Czech)

1. Termostaty: Zachování ekvipartičního teorému (letící ledová kostka), Správnost termostatu (kanonický soubor), Oddělené termostaty pro různé částí systému, Stochastické termostaty a dynamika
2. Dalekodosahové interakce: Cut-off, Elektroneutralita systému, Dipól v boxu
3. Forcefield: Parametrizace proteinů, Různá mixovací pravidla, Polarizační katastrofa, Protein voda, Škálovaní nábojů
4. Externí pole: Pohyb nenabitých částic v el. poli

Literature

Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications, Pearson, 2001
Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001

Teaching methods (in Czech)

Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze

Assessment methods (in Czech)

Prezentace a diskuze studovaného problému

Language of instruction

Czech

Further Comments

The course is taught annually.
The course is taught: every week.

The course is also listed under the following terms Autumn 2019, Spring 2021, autumn 2021, Spring 2022, Spring 2023.