Bi3307 Actual trends in shape and image analysis in anthropology

Faculty of Science
Spring 2008 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
0/2/0. 2 credit(s). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D. (seminar tutor)
Guaranteed by
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Department of Anthropology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
The capacity limit for the course is 8 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 0/8, only registered: 0/8, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/8
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives (in Czech)
Předmět je zaměřen na praktické procvičení práce s 2D a 3D digitizérem (tpsDig, MicroScribe), software pro analýzu obrazu (SigmaScan) a programy pro analýzu tvaru (TPS, Morphologica, Shape, EFAWin).
Syllabus (in Czech)
  • 1. Historie a přehled současných prostředků morfometrie v antropologii. 2. Digitalizace kostí a částí těla živého člověka do formy kartézských souřadnic význačných bodů a křivek pomocí 2D a 3D digitizérů. 3. Analýza tvaru metodami geometrické morfometrie (Prokrustova superimpozice, Thin Plate Spline, Partial Warps, Eliptická Fourierova analýza), vizualizace a hodnocení tvarových rozdílů. 4. Možnosti a současné trendy histomorfometrie a kosterní antropologie. Praktické cvičení histomorfometrických metod na kostech a zubech pro rozpoznání biologického původu kosti a pro odhad dožitého věku jedince: konvenční metrické postupy (délkové míry, indexy, obsahy atd.). 5. Nástin možností aplikace pokročilých metod: (Eliptická Fourierova analýza, Eigenshape analysis, wavelet analysis.)
Literature
  • Software: TPS, Rhinoceros, Morphologica, EFAWin, Shape, SigmaScan, Statistica, Photoshop, Photopaint, Past.
  • Bookstein, F. L. (1991): Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. Cambridge Univ. Press: New York.
  • Zelditch, M. L., D. L. Swiderski, H. D. Sheets, and W. L. Fink. (2004): Geometric Morphometrics for biologists: a primer. Elsevier Academic Press: London.
  • Kilian J., Šídlo R., Merglová V. (1981): K problematice určování stáří jedince podle chrupu. Soudní lékařství 26: 33-42, 49-54, 55-59.
  • URBANOVÁ, Petra and Vladimír NOVOTNÝ. Distinguishing between Human and Non-human bones: Histometric metod for forensic antropology. Anthropologie. 2005, XLIII, No 1, p. 77-85, 8 pp. ISSN 0323-1119. info
  • VYSTRČILOVÁ, Michaela and Vladimír NOVOTNÝ. Estimation of age at death using teeth. Variability and Evolution. Poznań: Adam Mickiewicz University, Faculty of Biology, Institute of Anthropology, 2000, No 8, p. 39-49. ISSN 0860-7907. info
  • Kuhl, F.P. - Giardina, C.R. (1982): Elliptic Fourier Features of a Closed Contour. Computer Graphics and Image Processing 18: 236 - 258.
  • Iwata, H. - Ukai, Y. (2002): SHAPE: A Computer Program Package for Quantitative Evaluation of Biological Shapes Based on Elliptic Fourier Descriptors. The Journal of Heredity 93: 384 - 385.
  • Lestrel, P. E. - Cesar - Jr., R. M. - Takahashi, O. - Kanazawa, E. (2004): A Fourier-wavelet representation of 2-D-shapes: sexual dimorphism in the Japanese cranial base. Anthropological Science 112/1: 3 - 28.
Assessment methods (in Czech)
Blokové cvičení pro omezený počet vážných zájemců z řad DSP studentů antropologie, ve výjimečných případech i z jiných oborů (po předchozí domluvě). Počet účastníků je omezen technickým vybavením. Ukončení zápočtem po diskusi nad laboratorním protokolem.
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: in blocks.
The course is also listed under the following terms Spring 2011 - only for the accreditation, Spring 2006, Spring 2007, Spring 2008, Spring 2009, Spring 2010, Spring 2011, Spring 2012, spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Autumn 2018, Spring 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023, Spring 2024, Spring 2025.