PřF:C2150 Zpracování informací a vizuali - Informace o předmětu

C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)

Cíle předmětu

Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.

Osnova

• 1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak. 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul. 3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání. 4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server. 5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD. 6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD. 7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace. 8.Program TRITON – možnosti vizualizace. 9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování. 10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků. 11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD. 12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol.

Literatura

• Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa: Humana Press, 2008, xi, 390. ISBN 9781588298645. info
• HÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997, xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. info
• Molecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998, x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. info
• http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

Výukové metody

Praktická cvičení u počítače.

Metody hodnocení

Praktická znalost programů VMD a Triton. Prezentace obsahující kromě textu také grafy, video ukázky a obrázky.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (jaro 2012 - akreditace, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2012-akreditace/C2150