PřF:C8862 Výpočty volných energií - cv. - Informace o předmětu

C8862 Výpočty volných energií - cvičení

Rozsah

0/1. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

C2110 UNIX a programování && C7800 Počítač.chemie a MM I -cv. && NOW( C8863 Výpočty volných energií )
Předpokládají se základní znalosti obecné, fyzikální, výpočetní chemie a operačního systému UNIXového typu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Analytická chemie (program PřF, D-CH4)
• Analytická chemie (program PřF, N-CH)
• Anorganická chemie (program PřF, D-CH4)
• Anorganická chemie (program PřF, N-CH)
• Biofyzika (program PřF, D-FY4)
• Biofyzika (program PřF, N-FY)
• Biochemie (program PřF, D-BCH4)
• Biochemie (program PřF, N-BCH)
• Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH4)
• Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
• Fyzikální chemie (program PřF, D-CH4)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)
• Chemie životního prostředí (program PřF, D-CH4)
• Chemie životního prostředí (program PřF, N-CH)
• Materiálová chemie (program PřF, D-CH4)
• Materiálová chemie (program PřF, N-CH)
• Organická chemie (program PřF, D-CH4)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)
• Strukturní chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurz je zaměřen na získání základních znalostí v oblasti výpočtů volných energií pomocí metod výpočetní chemie. Student si prakticky vyzkouší vybrané metody probírané na přednášce na modelových systémech.

Osnova

• volné energie metodami koncových stavů
• solvatační volné energie pomocí termodynamické integrace
• volná energie konformačních přeměn pomocí metod potenciálu střední síly

Literatura

• Free energy calculations : theory and applications in chemistry a biology. Edited by Christophe Chipot - Andrew Pohorille. Berlin: Springer, 2007, xviii, 517. ISBN 9783540384472. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
v roce 2014 bude výuka probíhat blokově.

• Statistika zápisu (jaro 2016, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2016/C8862