C8862 Výpočty volných energií - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2015
Rozsah
0/1. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C2110 UNIX a programování && C7800 Počítač.chemie a MM I -cv. && NOW( C8863 Výpočty volných energií )
Předpokládají se základní znalosti obecné, fyzikální, výpočetní chemie a operačního systému UNIXového typu.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 20 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Kurz je zaměřen na získání základních znalostí v oblasti výpočtů volných energií pomocí metod výpočetní chemie. Student si prakticky vyzkouší vybrané metody probírané na přednášce na modelových systémech.
Osnova
  • volné energie metodami koncových stavů
  • solvatační volné energie pomocí termodynamické integrace
  • volná energie konformačních přeměn pomocí metod potenciálu střední síly
Literatura
  • Free energy calculations : theory and applications in chemistry a biology. Edited by Christophe Chipot - Andrew Pohorille. Berlin: Springer, 2007, xviii, 517. ISBN 9783540384472. info
  • CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
  • LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
Výukové metody
praktické cvičení
Metody hodnocení
Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
v roce 2014 bude výuka probíhat blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.