PřF:Bi9310 Kvantitativní RT-PCR - Informace o předmětu

Bi9310 Úvod do kvantitativní RT-PCR

Rozsah

2/0/0. v týdenním bloku. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. || Bi4020c Molekulární biologie - cv.
Základní přehled v oboru molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Aplikovaná biochemie (program PřF, B-BIC)
• Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Lékařská genetika a molekulární diagnostika (program PřF, N-LGM)
• Lékařská genetika a molekulární diagnostika pro odborné pracovníky v laboratorních metodách (program PřF, N-BI)
• Lékařská genetika a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Lékařská genetika a molekulární diagnostika (program PřF, B-LGM)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB, směr Antropogenetika)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Cíle kurzu:
porozumět principům PCR a real-time PCR
navrhnout a provést úplný real-time PCR experiment
porozumět struktuře fluoroforů a sond využívaných v real-time PCR
analyzovat a vyhodnotit data pocházející z absolutní i relativní kvantifikace, SNP analýzy i High Resolution Melting Analýzy

Výstupy z učení

Po dokončení kurzu bude student rozumět principům PCR a real-time PCR; bude schopen navrhnout a provést úplný real-time PCR experiment, včetně všech kontrol; bude mít přehled o struktuře fluoroforů a sondách využívaných v této technice a dokáže analyzovat a vyhodnocovat data získaná z absolutní i relativní kvantifikace, SNP analýzy i high resolution melting analýzy.

Osnova

• Teorie PCR
• Semikvantitativní a real-time PCR
• Průběh reakce, end-point vs. real-time přístup
• Absolutní a relativní kvantifikace a jejich modifikace
• Vstupní materiál a jeho kvalita, reverzní transkripce
• Faktory ovlivňují PCR, normalizace experimentálního designu a dat, kalibrační křivky, účinnost PCR, návrh vlastních kontrolních experimentů
• Principy detekce
• Reportérové fluorochromy, zhášeče, struktura sond
• Design primerů a sond
• Obecné aplikace real-time PCR
• Návrh experimentu, kontroly, endogenní kontroly, správná laboratorní praxe v PCR (RNA) laboratoři
• Interpretace dat získaných z absolutní a relativní kvantifikace, SNP, +/- analýz.
• Standardy MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) guidelines)

Literatura

• Real-time PCR. Edited by M. Tevfik Dorak. New York: Taylor & Francis, 2006, xxvi, 333. ISBN 041537734X. info
• A-Z of quantitative PCR. Edited by Stephen A. Bustin. La Jolla, Calif.: International University Line, 2004, xxix, 882. ISBN 0963681788. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Přednášky
Ukončení: závěrečný test

Navazující předměty

• Bi9310c Úvod do kvantitativní RT-PCR - cvičení

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

• Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/Bi9310