Bi9310 Úvod do kvantitativní RT-PCR

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0. v týdenním bloku. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Petr Vaňhara, Ph.D.
Předpoklady
Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. || Bi4020c Základy metod mol. biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cíle kurzu:
porozumět principům PCR a real-time PCR
navrhnout a provést úplný real-time PCR experiment
porozumět struktuře fluoroforů a sond využívaných v real-time PCR
analyzovat a vyhodnotit data pocházející z absolutní i relativní kvantifikace, SNP analýzy i High Resolution Melting Analýzy
Osnova
  • Teorie PCR
  • Semikvantitativní a real-time PCR
  • Průběh reakce, end-point vs. real-time přístup
  • Absolutní a relativní kvantifikace a jejich modifikace
  • Vstupní materiál a jeho kvalita, reverzní transkripce
  • Faktory ovlivňují PCR, normalizace experimentálního designu a dat, kalibrační křivky, účinnost PCR, návrh vlastních kontrolních experimentů
  • Principy detekce
  • Reportérové fluorochromy, zhášeče, struktura sond
  • Design primerů a sond
  • Obecné aplikace real-time PCR
  • Návrh experimentu, kontroly, endogenní kontroly, správná laboratorní praxe v PCR (RNA) laboratoři
  • Interpretace dat získaných z absolutní a relativní kvantifikace, SNP, +/- analýz.
  • Standardy MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) guidelines)
Literatura
  • Real-time PCR. Edited by M. Tevfik Dorak. New York: Taylor & Francis, 2006, xxvi, 333. ISBN 041537734X. info
  • A-Z of quantitative PCR. Edited by Stephen A. Bustin. La Jolla, Calif.: International University Line, 2004, xxix, 882. ISBN 0963681788. info
Výukové metody
přednášky
Metody hodnocení
Přednášky
Ukončení: závěrečný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.