Bi9310 Úvod do kvantitativní RT-PCR

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
2/0. v týdenním bloku. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. || Bi4020c Základy metod mol. biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cíle kurzu:
porozumět principům PCR a real-time PCR
navrhnout a provést úplný real-time PCR experiment
porozumět struktuře fluoroforů a sond využívaných v real-time PCR
analyzovat a vyhodnotit data pocházející z absolutní i relativní kvantifikace, SNP analýzy i High Resolution Melting Analýzy
Osnova
  • Teorie PCR
  • Semikvantitativní a real-time PCR
  • Průběh reakce, end-point vs. real-time přístup
  • Absolutní a relativní kvantifikace a jejich modifikace
  • Vstupní materiál a jeho kvalita, reverzní transkripce
  • Faktory ovlivňují PCR, normalizace experimentálního designu a dat, kalibrační křivky, účinnost PCR, návrh vlastních kontrolních experimentů
  • Principy detekce
  • Reportérové fluorochromy, zhášeče, struktura sond
  • Design primerů a sond
  • Obecné aplikace real-time PCR
  • Návrh experimentu, kontroly, endogenní kontroly, správná laboratorní praxe v PCR (RNA) laboratoři
  • Interpretace dat získaných z absolutní a relativní kvantifikace, SNP, +/- analýz.
  • Standardy MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) guidelines)
Literatura
  • Real-time PCR. Edited by M. Tevfik Dorak. New York: Taylor & Francis, 2006, xxvi, 333. ISBN 041537734X. info
  • A-Z of quantitative PCR. Edited by Stephen A. Bustin. La Jolla, Calif.: International University Line, 2004, xxix, 882. ISBN 0963681788. info
Výukové metody
přednášky
Metody hodnocení
Přednášky
Ukončení: závěrečný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.