Souborový formát popisuje, jakým způsobem se na disk uloží obsah a vzhled dokumentu, který uživatel vytvoří v příslušném programu. Obsah může být pouhý text, obrázky, nebo složitější objekty (multimédia, digitální podpis, ...), složité je však přesně a jednoznačně popsat vzhled dokumentu: velikost a řez písma, pozici textu na stránce, obtékání obrázků, vzhled tabulek a další. Aplikace různých výrobců mohou ale tento popis interpretovat různě a výsledek pak po otevření vypadá jinak než byl uložen. Volně dostupná specifikace (detailní popis) souborového formátu usnadňuje korektně vyvinout funkce pro import a export obsahu tak, jak bylo autory formátu původně zamýšleno.

I tak ale zejména složitější aspekty dokumentu (multimédia, režim sledování změn, pokročilé formátování, ...) mohou být při převodu poškozeny či ztraceny. Proto je dobré přizpůsobit volbu použitého formátu konkrétní situaci. Pokud potřebujeme někomu zaslat dokument, je třeba si uvědomit, zda do něj bude adresát zasahovat. Pokud ne, je správnou volbou neutrální PDF (v široce podporované verzi 1.7), který popisuje vzhled dokumentu nejpřesněji a který bude adresát schopný korektně zobrazit na prakticky libovolné platformě. V případě kdy adresát potřebuje dokument editovat je třeba dát si pozor na použití pokročilých funkcí a pro jistotu poslat dokument jak v editovatelném formátu, tak v PDF. Vyhneme se tak problémům, kdy se z dokumentu ztratí některé části, aniž by si toho příjemce všiml.

Pro spolupráci více uživatelů na jednom dokumentu jsou pak vhodné cloudové služby jako Microsoft Office 365 a Google Docs, které problémy s kompatibilitou odstraňují. Vyvstávají zde ale jiné problémy: data z cloudu se obtížně zálohují, není možné s nimi pracovat bez připojení k internetu a není vhodné takto zpracovávat citlivá data.