Uživatelé mohou mít různé důvody pro přímou práci s procesy. Aplikace mohou z různých důvodů přestat reagovat, tzn. dojde k chybě, na kterou nedokáže aplikace korektně zareagovat. Nebo je systém pomalý, ačkoliv neběží žádná uživatelská aplikace. Pro tyto účely obsahují operační systémy nástroje pro zobrazení běžících procesů a zdrojů, které spotřebovávají (paměť a procesor). Kromě toho umožňují jednotlivé procesy ukončovat za předpokladu, že uživatel má dostatečná oprávnění. V systému Windows tuto funkci plní Správce úloh, v systému Mac OS Monitor aktivity. V případě systému Linux je možností vícero.

Pokud dojde k poškození systému například přerušenou aktualizací, uživatelským zásahem, či nezdařenou instalací nového software, je dobré mít možnost vrátit systém zpět do funkčního stavu. Toho docílíme zálohováním systémových souborů, instalovaných aplikací a veškerého nastavení. U systému Microsoft Windows jsou tyto zálohy automaticky vytvářeny pomocí nástroje Obnovení systému. U systému Mac OS je zálohování systému a uživatelských souborů sloučeno v jednom nástroji: Time machine. V případě systému Linux není žádný takový nástroj přímo součástí systému, nicméně díky malé velikosti úplné instalace je snadné systém zálohovat například pomocí nástroje Clonezilla.

Firewall v základní podobě je dnes z bezpečnostních důvodů součástí výchozí instalace každého moderního OS. V systému Windows se jedná o bránu Windows firewall, Mac OS X obsahuje aplikační firewall, v systému Linux je vestavěn přímo v jádře systému.

Automatické spouštění aplikací při každém přihlášení může být užitečné, nicméně postupem času se zde může nahromadit i nepotřebný či škodlivý software, který negativně ovlivňuje chod systému. V rámci pravidelné údržby je vhodné seznam spouštěných aplikací projít a zkontrolovat. Pro systém Windows je k dispozici nástrojAutoruns, v Mac OS X příslušné nastavení systému. V systému Linux záleží na konkrétní distribuci (například Ubuntu).