FI:PB051 Bioinformatické výpočty - Informace o předmětu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Fakulta informatikyjaro 2025
- Rozsah
- 1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Bc. Vít Nováček, PhD (přednášející) - Garance
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie. Předchozí absolvování předmětů IV107, PA052 a PB050 je vítáno, nikoliv však formálně požadováno.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
- Výstupy z učení
- Po absolvování bude student schopen:
- vybrat pro daný problém vhodnou výpočetní metodu;
- analyzovat vybrané typy experimentálních dat;
- aplikovat softwarové nástroje na vybrané problémy zpracování dat;
- vytvářet a modifikovat kvalitativní model biologické sítě. - Osnova
- Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:
- Bioinformatika: operace na genomech, používání Markovových modelů.
- Systémová biologie: statická analýza biologických sítí, rekonstrukce sítí genových interakcí, integrace dat; nástroje Cytoscape, Genomica, ARACNE, MAVisto.
- U všech probíraných technik se studenti seznámí s relevantními nástroji formou praktických cvičení.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- neurčeno
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Systems biology : principles, methods, and concepts. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press, 2007, 244 s. ISBN 9780824725204. info
- WILKINSON, Darren James. Stochastic modelling for systems biology. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006, 254 s. ISBN 1584885408. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- Výukové metody
- kombinace přednášek a cvičení
- Metody hodnocení
- Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2025, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2025/PB051