FI:IV106 Bioinformatics seminar - Informace o předmětu
IV106 Bioinformatics seminar
Fakulta informatikyjaro 2019
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- St 9:00–9:50 B411
- Předpoklady
- Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologickych oborů se vyžaduje paralelní navštěvování nebo předcházející absolvování předmetu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
- Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
- Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
- Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
- Bioinformatika (program FI, B-AP)
- Bioinformatika (program FI, N-AP)
- Informační systémy (program FI, N-IN)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-BI)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-SO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
- Informatika (program FI, B-IN)
- Informatika (program FI, M-IN)
- Informatika (program FI, N-IN)
- Matematická informatika (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
- Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
- Počítačová grafika (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
- Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
- Počítačové systémy (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
- Sociální informatika (program FI, B-AP)
- Teoretická informatika (program FI, N-IN)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-SS)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-TV)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
- Zpracování obrazu (program FI, N-AP)
- Cíle předmětu
- Společným tématem semináře je "Analýza biologických sekvencí, určování polohy a funkce genů, promotorů a jiných elementů, určování struktury proteinů".
Absolvováním předmětu student získá přehled o vědeckých problémech řešených v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se v schopnosti vystupovat před publikem a vést diskuzi. - Osnova
- Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání elementů genomových sekvencí dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci). Příklady témat: ován
- Zpracování dat ze sekvenace
- Identifikace genů v sekvenci DNA
- Metody hodnocení podobnosti sekvencí
- Vyhledávaní vzorů v sekvencích DNA
- Modelování sekundární struktury DNA a RNA
- Literatura
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Výukové metody
- studentský seminář a diskuse
- Metody hodnocení
- Studenti samostatně nastudují a odprezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání elementů genomových sekvencí. V případě absence absolvuje student ústní zkoušku.
- Vyučovací jazyk
- Angličtina
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Proteins) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB). - Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (jaro 2019, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2019/IV106