FI:IV106 Bioinformatics seminar - Informace o předmětu
IV106 Bioinformatics seminar
Fakulta informatikyjaro 2021
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Čt 11:00–11:50 Virtuální místnost
- Předpoklady
- Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologickych oborů se vyžaduje paralelní navštěvování nebo předcházející absolvování předmetu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 80 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Společným tématem semináře je "Analýza biologických sekvencí, určování polohy a funkce genů, promotorů a jiných elementů, určování struktury proteinů".
- Výstupy z učení
- Absolvováním předmětu student získá přehled o vědeckých problémech řešených v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se v schopnosti vystupovat před publikem a vést diskuzi.
- Osnova
- Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání elementů genomových sekvencí dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci). Příklady témat: ován
- Zpracování dat ze sekvenace
- Identifikace genů v sekvenci DNA
- Metody hodnocení podobnosti sekvencí
- Vyhledávaní vzorů v sekvencích DNA
- Modelování sekundární struktury DNA a RNA
- Literatura
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Výukové metody
- studentský seminář a diskuse
- Metody hodnocení
- Studenti samostatně nastudují a odprezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání elementů genomových sekvencí. V případě absence absolvuje student ústní zkoušku.
- Vyučovací jazyk
- Angličtina
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Proteins) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB). - Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2021/IV106