PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Fakulta informatiky
jaro 2019
Rozsah
1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 19. 2. až Út 14. 5. Út 16:00–17:50 A215
Předpoklady
Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie. Předchozí absolvování předmětů IV107, PA052 a PB050 je vítáno, nikoliv však formálně požadováno.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 24 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
Výstupy z učení
Po absolvování bude student schopen:
- vybrat pro daný problém vhodnou výpočetní metodu;
- analyzovat vybrané typy experimentálních dat;
- aplikovat softwarové nástroje na vybrané problémy zpracování dat;
- vytvářet a modifikovat kvalitativní model biologické sítě.
Osnova
  • Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:
  • Bioinformatika: operace na genomech, používání Markovových modelů.
  • Systémová biologie: statická analýza biologických sítí, rekonstrukce sítí genových interakcí, integrace dat; nástroje Cytoscape, Genomica, ARACNE, MAVisto.
  • U všech probíraných technik se studenti seznámí s relevantními nástroji formou praktických cvičení.
Literatura
    doporučená literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
    neurčeno
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • Systems biology : principles, methods, and concepts. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press, 2007, 244 s. ISBN 9780824725204. info
  • WILKINSON, Darren James. Stochastic modelling for systems biology. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006, 254 s. ISBN 1584885408. info
  • Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
Výukové metody
kombinace přednášek a cvičení
Metody hodnocení
Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.