Bi7560 Úvod do R

Přírodovědecká fakulta
jaro 2025
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Předmět je primárně určen studentům biologie, proto je výuka postavena na práci s daty typickými pro terénní biologii a úpravy datových tabulek, které využijí biologové. Získané dovednosti jsou platné univerzálně, je ale možné, že operace s daty typické v jiných oborech se ve výuce neobjeví. Cílem cvičení je překonat strach studentů z příkazového řádku a seznámit je se základy práce s daty v programovém prostředí R. Po absolvování kurzu by studenti měli být schopni v programu R provádět základní operace s daty, předcházející a doprovázející jejich statistickou analýzu či grafické zobrazení. Tento kurz je prerekvizitou navazujících předmětů zaměřených již na vlastní analýzu biologických dat Bi5560 Základy statistiky pro biology II a Bi7540 Analýza dat v ekologii společenstev a bude užitečný také pro předmět Bi7920 Zpracování biologických dat.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování kurzu schopen:
- orientovat se v Rkovém skriptu,
- importovat data do R,
- vytvářet různé typy objektů a rozumět jejich odlišnostem,
- vytvářet podvýběry dat,
- zobrazit základní grafy.
Osnova
  • Instalace R, pracovní prostředí RStudio
  • R jako kalkukačka
  • Práce s vektory
  • Podmnožiny, výběry, logické výrazy
  • Maticové objekty
  • Seznamy a instalace dalších funkcí (packages)
  • Datové rámce
  • Import a export dat
  • Faktory: podmnožiny, grafy
  • Faktory II: složitější funkce
  • Základní grafy
  • Jednoduché smyčky
  • Práce s řetězci
Literatura
    doporučená literatura
  • KONEČNÁ,Kateřina a KOLÁČEK, Jan. Jak pracovat s jazykem R. Ústav matematiky a statistiky MU. (dostupné online)
  • DROZD, Pavel. Cvičení z biostatistiky: Základy práce se softwarem R. Ostrava 2007. (dostupná online)
    neurčeno
  • Paradis E. 2005. R for Beginners. http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf
  • ZUUR, Alain F., Elena N. IENO a H. W. G. MEESTERS. A beginner's guide to R. New York, N.Y.: Springer, 2009, 218 s. ISBN 9780387938363. info
  • SPECTOR, Phil. Data manipulation with R. New York: Springer, 2008, ix, 152. ISBN 9780387747309. info
Výukové metody
Výuka bude probíhat týdně v počítačové učebně univerzitního kampusu Bohunice. Společně budeme řešit zadané příklady, tak aby každý student odcházel s vlastnoručním zápisem všech funkcí a komentářů. Zároveň budou zadávány příklady k procvičení (nepovinné).
Metody hodnocení
Praktická zápočtová úloha. Na novém datovém souboru student provede potřebné úpravy, vytvoří výběr dat, spočítá základní charakteristiky a vytvoří graf.
Navazující předměty
Informace učitele
https://is.muni.cz/auth/do/sci/UBZBiol/um/udr/index.html
Zadání i řešení všech příkladů najdete na uvedené adrese.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.