Bi9393 Analytická cytometrie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Lukáš Kubala, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Hyršlová Vaculová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Hana Polášek-Sedláčková, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Karel Souček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Karel Souček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 14:00–15:50 BFU
Předpoklady
Předmět nemá žádné speciální předpoklady.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci kurzu bude student schopen: - rozumět základním principům a aplikacím moderních metod analytické cytometrie jako je průtoková cytometrie, buněčná separace, digitální mikroskopie a mikroarrays; - pochopit základní principy analýzy dat, jejich interpretace a prezentace.
Výstupy z učení
Student si osvojí detailní principy průtokové cytometrie a fluorescenční mikroskopie včetně konkrétních metodických aplikací.
Osnova
  • * Obecný úvod do průtokové cytometrie - základní principy a historie (Karel Souček)
  • * Principy průtokové cytometrie a sortrování (Karel Souček) -fluorescence -zdroje excitace, optické systémy a způsoby detekce fluorescence -zpracování a kompenzace signálu -vizualizace, analýza a softwarové zpracování dat
  • * Biologické aplikace průtokové cytometrie (Karel Souček) - buněčné biologie (analýza nukleových kyselin , analýza buněčných funkcí, princip a praktické možnosti víceparametrových analýz) - cytogenetika - hydrobiologie
  • Metody průtokové cytometrie ve studiu buněčné smrti (Alena Vaculova)
  • * Aplikace průtokové cytometrie v klinické imunologii a hematologii (Lukáš Kubala)
  • * Principy digitální mikroskopie (Eva Bártová) - fluorescenční mikroskopie, konfokální mikroskopie, "temporally-resolved" digitální mikroskopie, "time/frequency-resolved" digitální mikroskopie
  • * Klinické a biologické aplikace digitální mikroskopie (Eva Bártová) - chromozómová a genová analýza - analýza buněčných kompartment a metabolismu (pH, ionty) - aplikace FRET a FRAP
  • * Principy mikroarrays (Pavla Gajdušková) - DNA, RNA arrays - expresní, genové a mutační arrays
  • * Biologické a klinické aplikace a analýza dat microarrays (Pavla Gajdušková) - praktické příklady aplikací jednotlivých typů arrays v lékařské diagnostice a základním výzkumu * miRNA arrays (Eva Lincová)
Literatura
    doporučená literatura
  • Practical Flow Cytometry
  • Flow Cytometry: Instrumentation and Data Analysis
  • - The Handbook of Flow Cytometry Methods - Current Protocols in Cytometry
Výukové metody
Kurz bude postaven zejména na přednáškách a diskuzích k nim. V rámci přednášek budou objasněny principy a způsoby základní analýzy dat k jednotlivým metodologiím. Studenti formou instruktáže seznámeni s vybavením pro průtokovou cytometrii a digitální mikroskopii které je v provozu na Biofyzikálním ústavu v Brně.
Metody hodnocení
Zkouška Každý student bude muset prezentovat krátký seminář, jehož téma bude konzultováno s přednášejícím a bude se týkat zaměření kurzu. Na základě této prezentace bude udělen zápočet a hodnocení vlastního semináře se bude také z 25-ti % odrážet v celkové známce. Kurz bude zakončen zkouškou ve formě testu shrnujícího látku za celý semestr. Výsledek testu bude tvořit 75% celkového hodnocení.
Informace učitele
Literatura: - Flow Cytometry: Instrumentation and Data Analysis (M.A. Van Dilla, P.N. Dean, O.D. Laerum, M.R. Melamed, eds.), Academic Press, London, 1985 - Practical Flow Cytometry 3nd edition (1994),H. Shapiro: Alan R. Liss, New York - The Handbook of Flow Cytometry Methods - Current Protocols in Cytometry
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/Bi9393