Bi9393 Analytická cytometrie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Karel Souček, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc. (přednášející)
doc. Mgr. Lukáš Kubala, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Hyršlová Vaculová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Karel Souček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 16:00–17:50 BFU
Předpoklady
Předmět nemá žádné speciální předpoklady.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kurzu bude student schopen: - rozumět základním principům a aplikacím moderních metod analytické cytometrie jako je průtoková cytometrie, buněčná separace, digitální mikroskopie a mikroarrays; - pochopit základní principy analýzy dat, jejich interpretace a prezentace.
Osnova
  • * Obecný úvod do průtokové cytometrie - základní principy a historie (Karel Souček)
  • * Principy průtokové cytometrie a sortrování (Karel Souček) -fluorescence -zdroje excitace, optické systémy a způsoby detekce fluorescence -zpracování a kompenzace signálu -vizualizace, analýza a softwarové zpracování dat
  • * Biologické aplikace průtokové cytometrie (Karel Souček) - buněčné biologie (analýza nukleových kyselin , analýza buněčných funkcí, princip a praktické možnosti víceparametrových analýz) - cytogenetika - hydrobiologie
  • Metody průtokové cytometrie ve studiu buněčné smrti (Alena Vaculova)
  • * Aplikace průtokové cytometrie v klinické imunologii a hematologii (Lukáš Kubala)
  • * Principy digitální mikroskopie (Eva Bártová) - fluorescenční mikroskopie, konfokální mikroskopie, "temporally-resolved" digitální mikroskopie, "time/frequency-resolved" digitální mikroskopie
  • * Klinické a biologické aplikace digitální mikroskopie (Eva Bártová) - chromozómová a genová analýza - analýza buněčných kompartment a metabolismu (pH, ionty) - aplikace FRET a FRAP
  • * Principy mikroarrays (Pavla Gajdušková) - DNA, RNA arrays - expresní, genové a mutační arrays
  • * Biologické a klinické aplikace a analýza dat microarrays (Pavla Gajdušková) - praktické příklady aplikací jednotlivých typů arrays v lékařské diagnostice a základním výzkumu * miRNA arrays (Eva Lincová)
Literatura
    doporučená literatura
  • Flow Cytometry: Instrumentation and Data Analysis
  • - The Handbook of Flow Cytometry Methods - Current Protocols in Cytometry
  • Practical Flow Cytometry
Výukové metody
Kurz bude postaven zejména na přednáškách a diskuzích k nim. V rámci přednášek budou objasněny principy a způsoby základní analýzy dat k jednotlivým metodologiím. Studenti formou instruktáže seznámeni s vybavením pro průtokovou cytometrii a digitální mikroskopii které je v provozu na Biofyzikálním ústavu v Brně.
Metody hodnocení
Zkouška Každý student bude muset prezentovat krátký seminář, jehož téma bude konzultováno s přednášejícím a bude se týkat zaměření kurzu. Na základě této prezentace bude udělen zápočet a hodnocení vlastního semináře se bude také z 25-ti % odrážet v celkové známce. Kurz bude zakončen zkouškou ve formě testu shrnujícího látku za celý semestr. Výsledek testu bude tvořit 75% celkového hodnocení.
Informace učitele
Literatura: - Flow Cytometry: Instrumentation and Data Analysis (M.A. Van Dilla, P.N. Dean, O.D. Laerum, M.R. Melamed, eds.), Academic Press, London, 1985 - Practical Flow Cytometry 3nd edition (1994),H. Shapiro: Alan R. Liss, New York - The Handbook of Flow Cytometry Methods - Current Protocols in Cytometry
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.