PřF:C2136 Advanced chemoinformatics and - Informace o předmětu
C2136 Advanced chemoinformatics and drug design
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. (přednášející) - Garance
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky nebo C2133 Úvod do chemoinformatiky
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti chemoinformatiky a drug designu. Na konci kursu budou studeni schopni provádět predikci aktivit a vlastností molekul na základě jejich struktury s využitím QSAR a QSPR modelů. Dále získají studenti zkušenosti virtuálním screeningem a aplikací dockingu v této oblasti. Studenti budou také schopni vyhledávat informace o molekulách a jejich vlastnostech v databázích. Studenti se rovněž naučí pracovat s moderními metodikami pro zpracování chemoinformatických dat, jako je aplikace algoritmů umělé inteligence.
- Výstupy z učení
- Po skončení kurzu bude student schopen detailně popsat klíčové chemoinformatické metodiky, bude schopen pracovat se softwarovými nástroji pro jejich realizaci a bude umět tyto metodiky rutinně aplikovat v praxi.
- Osnova
- 1) Úvod do pokročilé chemoinformatiky a drug designu 2) Databáze molekul a informací o nich: PDBe, PDBe-KB. Vyhledávání v těchto databázích. 3-4) Virtuální screening založený na struktuře receptoru, identifikace vazebného místa 5) Virtuální screening - využití algoritmů umělé inteligence 6) Virtuální screening - využití přírodních produktů, frequent hitters 7-8) QSAR a QSPR - teoretický popis a návrh modelu, výběr deskriptorů, lineární a multilineární regrese, metriky kvality 9) Využití AI a AlphaFold struktur pro drug design 10-11) Molekulární (ligand-based) drug design, molekulární doking, skórovací funkce 12) Farmakofory a jejich využití v drug designu
- Literatura
- • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
- • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
- Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
- Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
- Výukové metody
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Metody hodnocení
- písemný test
- Vyučovací jazyk
- Angličtina
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C2136