Bi8190 Vizualizace biologických dat

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008
Rozsah
0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. David Zelený, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Rozvrh
Čt 9:00–10:50 COMPBR
Předpoklady
Kurz bude vycházet ze základních znalostí získaných v kurzu Bi5040 Biostatistika - základní kurz, takže student bude mít výhodu, pokud ho už absolvoval. Další doporučené kurzy: Bi6549 Zpracování základních botanických dat, Bi7540 Analýza dat v ekologii společenstev. Kurz Vizualizace zahrnuje i výuku základů ovlávání programu R, a jako takový je doporučenou prerekvizitou kurzu Bi7920 Zpracování biologických dat. Oba kurzy jsou zaměřeny na práci s Rkem, ale zatímco Zpracování biologických dat se věnuje analytickému zpracování dat, kurz Vizualizace je zaměřen na grafickou prezentaci dat.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: kapacita je omezená velikostí počítačovny v Řečkovicích, ideální stav je jeden počítač - jeden student, v případě většího zájmu jeden počítač - dva studenti nebo rozdělení na dvě skupiny.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Kurz by vás měl naučit, jak vytvořit efektní grafy dle vlastních představ, a to v programu R. Na začátku kurzu se metodou „simple idiot's guide“ seznámíte se základy programování v Rku a základními příkazy, a to nejen pro ovládání grafických výstupů. Kurz bude postupovat od nejjednoduššího ke složitějšímu – nejdřív se naučíte, jak vytvářet primitivní grafy zobrazující vztah dvou proměnných, které by jste podstatně jednodušeji vytvořili v programu Statistica, a budete přemýšlet, k čemu že to celé je. Postupně se naučíte, jak tyto grafy přizpůsobovat vašim představám a zjistíte, že Rko je v tomto velmi flexibilní, umožní vám opravdu „ušít“ si graf dle vlastních představ. Nakonec se dostaneme ke specializovaným vizualizačním metodám, jako jsou složené trellis diagramy nebo 3D ordinační diagramy.
Literatura
  • MURRELL, Paul. R graphics. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006, xix, 301. ISBN 158488486X. info
  • URL: http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
Metody hodnocení
Výuka bude probíhat v počítačovně v Řečkovicích přímo u zapnutého počítače s Rkem - co se studenti dozvědí, to si ihned vyzkouší. První hodinu věnujeme shrnutí toho, co můžou studenti od předmětu očekávat a co naopak ne, abychom zabránili potenciálnímu zklamání z nenaplněných očekávání. V průběhu kurzu budou zadány 3-4 domácí úkoly. Na závěr kurzu si každý student vyzkouší vizuální zpracování vlastních nebo zapůjčených dat a poslední dvouhodinu věnujeme "workshopu", na kterém bude každý prezentovat výsledky svojí práce, s následnou diskusí na téma co mohlo být uděláno líp a co hůř. Na základě této prezentace bude udělován zápočet.
Informace učitele
http://sci.muni.cz/botany/zeleny/vizualizace
Další komentáře
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2007, jaro 2010, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2024.