Bi8190 Vizualizace biologických dat

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17. 9. až Pá 14. 12. Po 11:00–12:50 B09/316
Předpoklady
Bi7560 Úvod do R ||NOW( Bi7560 Úvod do R )
Předpokladem pro bezproblémový průchod kurzem je základní znalost práce v R, ideálně absolvování Úvodu do R Bi7560 Úvod do R před nebo během tohoto kurzu.
Výhodou je předchozí absolvování kurzu Bi5040 Biostatistika - základní kurz
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem kurzu je seznámit studenty s běžnými grafickými nástroji a jejich aplikací v prostředí R tak, aby po absolvování kurzu byli schopni samostatně provést grafický průzkum dat a grafickou sumarizaci výsledků výzkumu.
Osnova
  • 1) velmi stručné seznámení s R a R-Studiem
  • 2) trochu teorie k obsahu grafů
  • 3) grafy sloupcové, čárové, bodové
  • 4) mapování dalších proměnných do grafů
  • 5) práce s barvami
  • 6) grafy sumarizační - box plot, violin plot
  • 7) legenda a anotace v grafech
  • 8) trellisové grafy
  • 9) grafické zobrazení modelů
  • 10) ukládání grafů a jejich doladění před tiskem
Literatura
  • http://www.cookbook-r.com/Graphs/
  • MURRELL, Paul. R graphics. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006, xix, 301. ISBN 158488486X. info
  • https://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
Výukové metody
Výuka bude probíhat v počítačové učebně přímo u zapnutého počítače. Pracovat budeme v prostředí programu R s pomocí RStudia. Na začátku každé hodiny bude prezentována nová metoda, kterou si studenti následně sami vyzkouší a procvičí na svých počítačích. Aktivní účast na přednáškách není povinná, nicméně je silně doporučená.
Metody hodnocení
Zatím plánuji zachovat ukončení v modelu, který zavedl David Zelený, tj.:
(1) budou zadány 3 domácí úkoly, z nichž alespoň 2 budou vyžadovány,
(2) studenti na závěrečné dvouhodině odprezentují vizuální zpracování vlastních dat.
Vyhrazuji si však právo na zápočtovou úlohu, pokud by zapojení studentů v hodině nesplnilo má očekávání.
Navazující předměty
Informace učitele
http://vitsyrovatka.info/doku.php?id=visbiodat:cs:start
Přednáška s cvičením bude probíhat každý týden.
Pro práci doporučuji nosit si vlastní notebook s přístupem na internet. Práce na stolních počítačích je někdy obzvláště pomalá.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: v podzimním semestru sudých let (2016, 2018, ...).
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2010, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, podzim 2016, podzim 2024.