PřF:C2150 Zpracování informací a vizuali - Informace o předmětu

C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 15:00–16:50 C04/118

Předpoklady

Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)

Cíle předmětu

Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat o strukturách biomolekul z databáze, vizualizace chemických struktur a tvorbu grafických výstupů formou grafů a schémat.

Výstupy z učení

Po úspěšném ukončení kurzu bude student schopen: získat z databáze data o struktuře molekul; zobrazit struktury pomocí programů pro vizualizaci molekul; využít data o struktuře molekul pro řešení jednoduchých vědeckých problémů; vizualizovat chemická data formou jednoduchých grafů a schémat;

Osnova

• 1.Strukturní databáze biomolekul a jejich prohledávání. 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul. 3.Vizualizace molekul pomocí programu VMD. 4. Tvorba animací a pokročilé funkce programu VMD. 5.Vizualizace molekul pomocí programu PyMol. 6.Program TRITON – možnosti vizualizace. 7.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování. 8.Vizualizace dat formou grafů – program xmgrace. 9.2D a 3D molekulové editory – programy MarvinSketch a Avogadro. 10. Úpravy obrázků a tvorba schémat – programy GIMP a Inkscape. 11. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, WHAT IF. 12. Převod 2D zobrazení molekul do 3D - program Corina.

Literatura

• Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa: Humana Press, 2008, xi, 390. ISBN 9781588298645. info
• HÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997, xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. info
• Molecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998, x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. info
• http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

Výukové metody

Praktická cvičení u počítače.

Metody hodnocení

Praktická znalost programů VMD a Triton. Prezentace obsahující kromě textu také grafy, video ukázky a obrázky.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (jaro 2018, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2018/C2150