Bi8312 Praktikum z molekulární biologie virů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Tibor Botka, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bi6400 Metody molekulární biologie
1. Základní metody molekulární biologie; 2. Molekulární biologie DNA a RNA virů; 3. Životní cyklus a reprodukce genomů bakteriálních virů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/15, pouze zareg.: 0/15
Jiné omezení: Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Předmět zahrnuje techniky přípravy a kultivace bakteriálních virů: Přípravy fágového lyzátu; Stanovení titru virionů; Stanovení jednostupňové růstové křivky a fágového výnosu pomocí kvantitativní PCR; Stanovení mutačního indexu; Indukce profága mitomycinem C; Izolace spontánních mutant kayvirů na rezistentních kmenech Staphylococcus aureus; komparativní analýza změn ve virovém genomu pomocí PCR, sekvenování a bioinformatické analýzy; Purifikace a zakoncentrování virových částic. Po absolvování tohoto kurzu student získá ucelenou představu o průběhu experimentů, od získání vstupního materiálu až po analýzu a interpretaci získaných experimentálních dat.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
• izolovat virové částice a DNA v dostatečné kvalitě a množství
• analyzovat izolovaný genetický materiál molekulárně biologickými metodami, jako je PCR, qPCR, ELFO, sekvenace DNA, a také pomocí bioinformatických nástrojů
• izolovat a vytvořit lyzát spontánní virové mutanty schopné lyzovat dosud rezistentní bakteriální kmen
• pozorovat a porovnat růstové vlastnosti bakteriálního viru
• pozorovat a porovnat růstové vlastnosti lyzogenního kmene v závislosti na typu profága a použitém režimu jeho indukce
• využít teoretické znalosti dalších metod a principů v následné laboratorní praxi
Osnova
  • 1. Izolace spontánních mutant bakteriálních virů, stanovení frekvence mutace a sekvenční analýza 2. Stanovení citlivosti kmenů Staphylococcus aureus k mutantám polyvalentního kayviru 3. Jednostupňová růstová křivka a adsorpční křivka stafylokokového viru 812 a jeho mutant, stanovení fágového výnosu pomocí qPCR 4. Pozorování růstových vlastností lyzogenních bakterií s využitím spektrofotometru, indukce mitomycinem C a izolace rezidentních bakteriálních virů 5. Purifikace virových částic různými ultrafiltračními technikami
Literatura
  • Návody k cvičení jsou u vyučující
  • Virology methods manual. Edited by B. W. J. Mahy - Hillar O. Kangro. London: Academic Press, 1996, x, 374. ISBN 0124653308. info
  • SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
  • ROSYPAL, Stanislav. Obecná bakteriologie. 1. vyd. Praha: Státní pedagogické nakladatelství, 1981, 749 s. info
Výukové metody
Výuka probíhá formou blokového cvičení. Studenti provádějí laboratorní experimenty v jednotlivých úlohách, seřazených dle osnovy předmětu. Podklady a návody jsou pro studenty vyvěšeny ve studijních materiálech na Isu.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech laboratorních úloh, zápočtového testu a odevzdání všech protokolů.
Informace učitele

Z důvodu pandemie koronaviru proběhne výuka předmětu v roce 2020 formou blokové výuky v období 1.6.-30.6.2020, v případě nevyhovující epidemiologické situace pak nejpozději do 30.9.2020. Konkrétní termín bude upřesněn prostřednictvím speciálního rozvrhu nejpozději koncem května.

Studenti by měli svojí účastí zvládnout zadané úlohy. Průběžně je hodnocena praktická dovednost posluchačů, schopnost vyhodnotit výsledky zdůvodnit případné negativní výsledky, vypracovat protokoly z provedených úkolů a absolvovat závěrečný test.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.