C9042 Analýza struktury chromatinu - praktikum

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
0/0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc. (cvičící)
doc. Mgr. Miloslava Fojtová, CSc. (cvičící)
doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D. (cvičící)
Ing. Tereza Přerovská, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW( C9041 Strukt. eukar. chromozomů )
Základní znalosti molekulární biologie a biochemie, paralelní nebo předchozí absolvování kursu Struktura a funkce euk. chromozomů, znalost předpisů o BOZP v laboratoři.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Kurs je praktickým cvičením k teoretickému kursu Struktura a funkce eukaryotických chromozomů (Bi9041). Cílem je, aby na základě absolvování kursu student získal praktickou zkušenost s metodami používanými při analýze struktury chromozomů a chromatinu.
Seznámit prakticky studenty s metodami přípravy buněč. jader
Seznámit prakticky studenty s metodami extrakce a elektroforézy histonů
Seznámit prakticky studenty s metodami štěpení chromatinu MNázou
Student bude schopen modifikovat pracovní postup podle zvoleného materiálu
Výstupy z učení
Po absolvování kursu student získá praktickou zkušenost s metodami používanými při analýze struktury chromozomů a chromatinu. Bude:
- prakticky bude obeznámen s metodami přípravy buněčných jader;
- bude prakticky obeznámen s metodami extrakce a elektroforézy histonů;
- bude prakticky obeznámen s metodami štěpení chromatinu MNázou;
- bude schopen modifikovat pracovní postup podle zvoleného materiálu.
Osnova
  • 1. Izolace buněčných jader z živočišných a rostlinných tkání 2. Štěpení jader mikrokokovou nukleázou 3. Extrakce nukleozomální DNA 3. Analýza nukleozomální DNA pomocí elektroforézy 4. Příprava mononukleozomální DNA z agarózového gelu 5. mapování polohy nukleozómu pomocí restrikčních enzymů nebo extenze primerů 6. Počítačové modelování polohy nukleozómů 7. Porovnání experimentálních a teoretických výsledků. 8. Extrakce chromatinových proteinů 9. Analýza chromatinových proteinů pomocí SDS-PAGE
Literatura
  • FAJKUS, Jiří, Andrew R. LEITCH, Michael CHESTER a Eva SÝKOROVÁ. Evolution, Composition and Interrelated Functions of Telomeres and Subtelomeres: Lessons from Plants. In Origin and Evolution of Telomeres. USA: Landes Biosciences, 2008, s. 114-127. ISBN 978-1-58706-309-1. info
  • FAJKUS, Jiří a Edward N. TRIFONOV. Columnar Packing of Telomeric Nucleosomes. Biochemical and Biophysical Research Communications. California: Academic Press, 2001, roč. 280, č. 4, s. 961-963. ISSN 0006-291X. info
Výukové metody
Laboratorní cvičení - intenzivní bloková výuka
Metody hodnocení
Písemné vypracování protokolu zdůrazňujícího problémy, s nimiž při řešení projektu došlo. Závěrečná skupinová diskuse o zkušenostech z kursu.
Informace učitele
Předmět se vyučuje blokově v laboratořích pav. A2-ILBIT, univerzitní kampus Brno-Bohunice
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.