C9530 Strukturní biochemie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2001
Rozsah
2/0. 3 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Eva Fadrná, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Předpoklady
Kurz je určen studentům biochemie a příbuzných oborů (molekulární biologie, bifyzika) a všem zájemcům o moderní metody určování struktur biomakromolekul.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 23 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem přednášky je poskytnout základní informace o určování struktury biomakromolekul (zejména proteinů a nukleových kyselin). Je koncipována jako obecný přehled určený studentům, kteří se nechtějí v tomto oboru specializovat, ale může posloužit i jako úvod k pokročilým kurzům strukturní analýzy. Po úvodním přehledu základních strukturních motivů budou probírány metody určování trojrozměrné struktury makromolekul. Těžištěm kurzu bude výklad dvou základních technik - rentgenové strukturní analýzy a nukleární magnetické spektroskopie. Budou popsány metody molekulové mechaniky a dynamiky používané k výpočtu struktur na základě experimentálních dat. Dále boudou probrány molekulárně-bilogické techniky používané při určování struktur proteinů. Posluchači budou též seznámeni s využitím databází struktur. Jednotlivé části kurzu budou přednášeny odborníky aktivně pracujícími v příslušné oblasti.
Osnova
  • 1. Pojem struktury makromolekul, základní strukturní motivy proteinů, nukleových kyselin, struktura sacharidů a membrán. 2. Základní charakterizace proteinů, metody optické a hmotnostní spektroskopie, sekvenace proteinů. 3. Sekvenace nukleových kyselin, metody genového inženýrství, exprese rekombinantních proteinů. 4-6. Rentgenová struktrurní analýza. Příprava krystalů, difrakční experiment, metody řešení fázového problému, mapy elektronové hustoty, výstavba strukturního modelu. 7-9. Nukleární magnetická rezonance. Izotopové značení, NMR experiment, přiřazení frekvencí ve spektrech, určení geometrie (NOE, interakční konstanty), dynamika proteinů. 10-11. Molekulová mechanika a dynamika, simulované žíhání, zahrnutí experimentálních dat. 12. Databáze struktur, bioinformatika, počítačové předpovídání a modelování.
Informace učitele
http://www.ncbr.chemi.muni.cz/~lzidek/C9530.html
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.