CB080 Proteinová krystalografie - seminář

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW ( CB070 Proteinová krystalografie )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Praktické cvičení k přednášce CB070. Na konci tohoto kurzu bude student samostatně zvládnout zpracování synchrotronových difrakčních dat a práci s krystalografickými databázemi, a pochopí i principy práce se systémem CCP4 a mapami elektronové hustoty.
Osnova
  • Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry, plošné detektory
  • Program XDS
  • Systém CCP4
  • Fázový problém, Molekulární nahrazení
  • Programy pro MR
  • R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
  • Programy SHELXS a SHELXL, CNS
  • Upřesňování proteinových strukturních modelů, mapa elektronové hustoty
  • Program Coot
  • Krystalografické databáze
Literatura
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
Výukové metody
Praktické procvičování činností odpovídající teoretickému kursu CB 070. Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači.
Metody hodnocení
Zápočet - ústní. Domácí práce na počítači.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.