PřF:CB080 Proteinová krystalografie-sem. - Informace o předmětu
CB080 Proteinová krystalografie - seminář
Přírodovědecká fakultapodzim 2022
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (cvičící) - Garance
- doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 13:00–13:50 C04/211
- Předpoklady
- NOW ( CB070 Proteinová krystalografie )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
- Cíle předmětu
- Praktické cvičení k přednášce CB070. Cílem předmětu je naučit studenty samostatně provádět tři základní kroky proteinové difrakční krystalografie: zpracovat synchrotronová difrakční data (=provádět tzv. redukci dat), vyřešit fázový problém a získaný strukturní model umět samostatně zpřesňovat.
- Výstupy z učení
- Praktické cvičení k přednášce CB070. Na konci tohoto kurzu bude student samostatně zvládnout zpracování synchrotronových difrakčních dat a práci s krystalografickými databázemi, a pochopí i principy práce se systémem CCP4 a mapami elektronové hustoty.
- Osnova
- Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry, plošné detektory
- Program XDS
- Systém CCP4
- Fázový problém, Molekulární nahrazení
- Programy pro MR
- R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
- Programy SHELXS a SHELXL, CNS
- Upřesňování proteinových strukturních modelů, mapa elektronové hustoty
- Program Coot
- Krystalografické databáze
- Literatura
- MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
- GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
- Výukové metody
- Praktické procvičování činností odpovídající teoretickému kursu CB 070. Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači.
- Metody hodnocení
- Zápočet - ústní. Domácí práce na počítači.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2022, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2022/CB080