Bi7900 Genetické metody v zoologii

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
2/1. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Čt 8:00–10:50 BR4
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Tento předmět je určen především pro studenty magisterského a doktorského studia a měl by jim podat základní přehled o současných morfologických, cytogenetických a molekulárních metodách v současnosti běžně používaných v zoologickém výzkumu. Po jeho ukončení bude student schopen teoreticky i prakticky zvládnout následující témata: Analýza fenotypu (epigenetické znaky, kvantitativní znaky, geometrická morfometrie); Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, "vybarvivání" chromozomů); Elektroforéza proteinů a DNA; Analýza DNA (izolace DNA, DNA-DNA hybridizace, PCR, real-time PCR, fingerprinting, RAPD, AFLP, analýza mikrosatelitů, LINE, SINE a SNP; sekvencování, "next generation sequencing", RFLP, DGGE, TGEE, SSCP, klonování, microarrays); Metody analýzy (populačně-genetická data: analýzy založené na frekvencích alel v populaci vs. "individual-based" modely; fylogenetická data: metody založené na vzdálenosti, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, bayesovská analýza).
Osnova
  • Genetické metody v zoologii (sylabus přednášek a cvičení) M. Macholán, J. Bryja, podzim, 13 týdnů 1. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků)
  • 2. Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, „painting“) a elektroforetické metody (proteiny, DNA)
  • 3. Analýza DNA I (izolace DNA, genetické markery - jaderná vs. mimojaderná DNA, DNA-DNA hybridizace, PCR, real-time PCR, "multi-locus" DNA markery: fingerprinting, RAPD, AFLP)
  • 4. Analýza DNA II ("single-locus" DNA markery: mikrosatelity, LINE, SINE, SNP)
  • 5. Analýza DNA III (sekvencování - přehled metod, "next generation sequencing")
  • 6. Analýza DNA IV (SNP a jejich analýza: RFLP, DGGE, TGEE, SSCP, klonování, microarrays)
  • 7. Metody analýzy I (populačně-genetická data) - analýzy založené na frekvencích alel v populaci vs. "individual-based" modely
  • 8. Metody analýzy II (fylogenetická data) - metody založené na vzdálenosti, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, bayesovské metody
  • 9. Praktické cvičení v laboratoři I (zhotovení chromozomálních preparátů, analýza karyotypu)
  • 10. Praktické cvičení v laboratoři II (elektroforéza enzymů)
  • 11. Praktické cvičení v laboratoři III (PCR, real-time PCR)
  • 12. Praktické cvičení v laboratoři IV (analýza DNA fragmentů po PCR, elektroforéza, fragmentační analýza, SSCP v kapiláře)
  • 13. Praktické cvičení v laboratoři V (sekvencování)
Literatura
  • ZIMA, Jan. Genetické metody v zoologii. 1. vyd. Praha: Karolinum, 2004, 239 s. ISBN 8024607956. info
Výukové metody
přednášky, praktická cvičení
Metody hodnocení
přednášky a cvičení; Každý student absolvuje ústní zkoušku, která zahrnuje minimálně 3-4 krátké otázky z různých okruhů daných sylabem předmětu. Důraz je kladen na otázky mající bezprostřední vztah k vlastnímu vědeckému zaměření studenta.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.