Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 16. 9. až Pá 6. 12. St 15:00–16:50 B09/316
Předpoklady
NOW( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
  • 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
Výukové metody
samostatné cvičení v počítačové učebně
Metody hodnocení
písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět již není vypisován.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.