Bi8490 Využití PC v biologii

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. Ing. Miloš Barták, CSc. (cvičící)
doc. Mgr. Josef Hájek, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. Ing. Miloš Barták, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Ing. Miloš Barták, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 10:00–11:50 B09/316
Předpoklady
Základní znalost práce s PC: (a)ovládání Windows, (b)operace se soubory (kopírování, přejmenování, mazání), (c)základní znalost textového editoru (např. MS Word), (d)požadována je alespoň minimální znalost anglického jazyka, (e)požadována je alespoň minimální znalost e-mailové komunikace
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 26 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/26, pouze zareg.: 0/26, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/26
Jiné omezení: (1)V případě vyššího počtu zájemců mají přednost studenti se zaměřením "Fyziologie rostlin". (2) V pripadě vyššiho počtu zájemců rozhoduje dřívější (časnější datum) registrace.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem je naučit posluchače efektivně využívat PC pro svoje studium a vědeckou práci.
Výstupy z učení
Po absolvování kursu bude student schopen: Cílem je naučit posluchače efektivně využívat PC pro svoje studium a vědeckou práci.
Osnova
  • (1) Přehled využití PC v biologii (komunikace, sběr a analýza dat, řízení experimentů, bioinformatika, analýza obrazu, 3D grafika, nanotechnologie, modelování molekul) – současné trendy, softwarové balíčky, základní principy.
  • (2) Biologické časopisecké a elektronické databáze na WWW. Vyhledávání informací na WWW. Práce s odbornými literárními zdroji (vyhledávání, třídění, tvorba výstupů) – praktické operace využitelné při tvorbě seminárních, diplomových, doktorských prací, prezentací, blogů apod.
  • (3) Zásady importu experimentálních hromadných dat do PC, základy jednoduchého matematicko-statistického zpracování, tvorba grafů, základní statistika.
  • (4) Pokročilé možnosti využití tabulkového procesoru Excel při zpracování experimentálních dat.
  • (5) Analýza obrazu – praktické cvičení demonstrující možnosti využití při aplikaci analýz biologických objeků.
  • (6) Využití PC v mikroskopii (optická mikroskopie, skenovací elektronová mikroskopie, fluorescenční techniky, moderní a pokročilé metody).
  • (7) Grafické databáze a jejich využití v analýze ekosystémů (elektronické mapy, satelitní snímky, interaktivní mapy, geografické informační systémy, on line sledovací systémy, live web kamery).
  • (8) Základy tvorby odborné prezentace : Praktické cvičení zaměřené na tvorbu prezentace v PowerPoint-u. Možnosti software, často opakované chyby, multimediální pezentace, animace, začlenění zvukové stopy, videa. Tvorba schémat, grafických struktur. Několik užitečných triků jak upoutat pozornost posluchačů.
  • (9) Využití PC ve specializovaných biologických oborech: Bioarcheologie, analýza biologických vzorků, palynologické databáze a software (analýza pylu), rekonstrukce kosterních zbytků, 3D modely využité při rekonstrukcích lebky – praktické cvičení.
  • (10) Využití PC ve specializovaných biologických oborech: Systematická botanika a zoologie. Porovnávací metody (elektronické scanovací metody), mapové aplikace pro studie areálů, biodiverzity, elektronické archivy (e-herbáře).
  • (11) Využití PC ve specializovaných biologických oborech: Experimentální biologické discipliny: biofyzikální a biochemické metody studia organismů na různých úrovních (membrána, buněčné struktury… až… ekosystém). Modely, expertní systémy, monitorovací systémy, studium závislostí biologických procesů na biotických a abiotických faktorech.
  • (12) Využití PC ve specializovaných biologických oborech: Molekulární biologie a genetika. Sekvenování, genetické databáze, metody studia genomu.
  • (13) E-learning, Počítačem podporovaná výuka biologie: Interaktivní databáze a web servery, self-evaluation methods – testování znalostí. Kombinované databáze - slovníky, encyklopedie, mutimedia.
Literatura
  • Suitable literature is recommended by the teacher during the course run.
  • Vhodná literatura je doporučena vyučujícími v průběhu cvičení.
Výukové metody
(1) Samostatná cvičení dle individuálního zadání plněná studenty v rámci výuky na PC. (2) Práce na PC projektového typu (plnění zadání s určenou dobou dostupnou pro vypracování (zpravidla 2-3 týdny)
Metody hodnocení
Výuka i zápočet probíhají formou řešení úkolů (konkrétních zadání) na počítači. Doplňkové informace o charakteru výuky lze získat na níže uvedené web stránce (dosud je tvořena, její dokončení: 1.10.2009)
Informace učitele
http://www.sci.muni.cz/kfar/old/pcbio.html
Předmět je určen studentům širokého spektra biologických oborů, především však těch, ve kterých se pracuje experimentálně. Početní limit studentů tohoto předmětu je 26 osob. V případě překročení tohoto limitu maji přednost studenti specializace Fyziologie rostlin, ostatní pak dle pořadí zápisu.
Další komentáře
Poznámka k ukončení předmětu: Zápočet = splnění úlohy (konkrétního zadání) na PC
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2020.