IV106 Bioinformatics seminar

Fakulta informatiky
jaro 2022
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 16. 2. až St 11. 5. St 16:00–16:50 A319
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost poslouchat přednášky a přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologickych oborů se vyžaduje paralelní navštěvování nebo předcházející absolvování předmetu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 80 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Dlouhodobým tématem semináře je "Analýza bioinformatických (mol.biologických a biomedicínských) dat". Jednotlivé běhy můžou být zaměřeny na užší okruh problémů.
Výstupy z učení
Absolvováním předmětu student získá přehled o vědeckých problémech řešených v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se v schopnosti vystupovat před publikem a vést diskuzi.
Osnova
  • - Úvod do použití 'deep learning' v bioinformatice - Přednášky zvaných hostů z celého světa k této problematice - Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu nebo aplikaci z dané oblasti
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
přednášky zvaných hostů, studentský seminář a diskuse
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a odprezentují svým kolegům konkrétní vědeckou publikaci. V případě absence absolvuje student ústní zkoušku.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Proteins) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.