CB080 Proteinová krystalografie - seminář

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW( CB070 Proteinová krystalografie )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Praktické cvičení k přednášce CB070. Na konci tohoto kurzu bude student samostatně zvládnout zpracování synchrotronových difrakčních dat a práci s krystalografickými databázemi, a pochopí i principy práce se systémem CCP4 a mapami elektronové hustoty.
Osnova
  • Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry, plošné detektory
  • Program XDS
  • Systém CCP4
  • Fázový problém, Molekulární nahrazení
  • Programy pro MR
  • R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
  • Programy SHELXS a SHELXL, CNS
  • Upřesňování proteinových strukturních modelů, mapa elektronové hustoty
  • Program Coot
  • Krystalografické databáze
Literatura
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
Metody hodnocení
Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači. Zápočet - ústní.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.