Mezi základní postupy patří kultivace se stanovením citlivosti, mikroskopické a bakteriologické vyšetření nátěru. Specifické protilátky se vyšetřují v séru i v likvoru, prokazuje se jejich intratékální syntéza. Specifickou a velmi citlivou metodu představuje polymerázová řetězová reakce (PCR) pro průkaz detekce DNA patogenních agens (nejčastěji se používá pro stanovení borrelií a herpetických virů).