IV106 Bionformatics seminar

Fakulta informatiky
jaro 2015
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Pá 10:00–11:50 C416
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologickych oborů se vyžaduje paralelní navštěvování nebo předcházející absolvování předmetu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 42 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Společným tématem semináře je "Analýza biologických sekvencí, určování polohy a funkce genů, promotorů a jiných elementů, určování struktury proteinů".
Absolvováním předmětu student získá přehled o vědeckých problémech řešených v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se v schopnosti vystupovat před publikem a vést diskuzi.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání elementů genomových sekvencí dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci). Příklady témat: ován
  • Zpracování dat ze sekvenace
  • Identifikace genů v sekvenci DNA
  • Metody hodnocení podobnosti sekvencí
  • Vyhledávaní vzorů v sekvencích DNA
  • Modelování sekundární struktury DNA a RNA
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentský seminář a diskuse
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a odprezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání elementů genomových sekvencí. V případě absence absolvuje student ústní zkoušku.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Proteins) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.