PřF:Bi7900 Genetické metody v zoologii - Informace o předmětu

Bi7900 Genetické metody v zoologii

Rozsah

2/1/0. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi8150 Evoluční biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ochrana přírody - zoologie (program PřF, N-OCH)
• Zoologie (program PřF, N-ZOL)

Cíle předmětu

Tento předmět je určen především pro studenty magisterského, případně doktorského studia a měl by jim podat základní přehled o současných molekulárně-genetických metodách, které jsou běžně používány v zoologickém či evolučním výzkumu. Po jeho ukončení bude student schopen teoreticky i prakticky zvládnout následující témata: Analýza fenotypu (epigenetické znaky, kvantitativní znaky, geometrická morfometrie); Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, "vybarvování" chromozomů); Genotypizace DNA markerů (izolace DNA, PCR, real-time PCR, Sangerovo sekvenování, minisatelitový fingerprinting, RAPD, AFLP, analýza mikrosatelitů, LINE, SINE, SNP analýza - RFLP, DGGE, TGGE, SSCP, klonování, aj.); Metody high-throughput analýzy (microarrays, transkriptomika, next-generation sekvenování); Základní práce s genetickými daty (popisná analýza genetické variability, genetické databáze - BLAST, Dryad atd.).

Výstupy z učení

Po absolvování předmětu bude student schopen na základě nejrůznějších kritérií (cena, spolehlivost atd.) vybrat příslušnou genetickou techniku pro řešení nejrůznějších typů otázek v ekologii, systematice nebo evoluční biologii.

Osnova

• Genetické metody v zoologii (sylabus přednášek a cvičení)
• Josef Bryja (90%), Miloš Macholán (10%)
• 1. Úvod (význam genetických metod v zoologii a evoluční biologii; základní přehled metod, atd.)
• 2. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků)
• 3. Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, „painting“) a elektroforéza proteinů
• 4. Analýza DNA I (izolace DNA, genetické markery - jaderná vs. mimojaderná DNA, PCR, real-time PCR, Sangerovo sekvenování)
• 5. Analýza DNA II ("single-locus" DNA markery: mikrosatelity, LINE, SINE)
• 6. Analýza DNA III (SNP a jejich analýza: RFLP, DGGE, TGGE, SSCP, klonování, nové techniky SNP genotypizace - SNP chipy atd.)
• 7. Analýza DNA IV ("multi-locus" DNA markery: minisatelitový fingerprinting, RAPD, AFLP)
• 8. Analýza DNA V (NGS = "next generation sequencing")
• 9. Analýza genové exprese (microarrays, qPCR, transcriptomika)
• 10. Základní manipulace s genetickými daty (datové formáty, alignování sekvencí, základní práce s databázemi - GenBank, NCBI, BLAST, Dryad, aj.)
• Praktické cvičení v laboratoři (v bloku na konci kurzu) - extrakce DNA, PCR, qPCR, elektroforéza DNA, genotypizace mikrosatelitů, Sangerovo sekvenování, analýza amplikonů metodami NGS

Literatura

• ZIMA, Jan. Genetické metody v zoologii. 1. vyd. Praha: Karolinum, 2004, 239 s. ISBN 8024607956. info

Výukové metody

přednášky, praktická cvičení

Metody hodnocení

přednášky a cvičení; Každý student absolvuje ústní zkoušku, která zahrnuje minimálně 3-4 krátké otázky z různých okruhů daných sylabem předmětu. Důraz je kladen na otázky mající bezprostřední vztah k vlastnímu vědeckému zaměření studenta.

Navazující předměty

• Bi0999 Molekulární ekologie

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• Bi0999 Molekulární ekologie
  (Bi1030 && Bi2090 && Bi3060 && Bi4010 && Bi7900 && Bi7150) || souhlas  

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2025/Bi7900