Informace o předmětu

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 12:00–12:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 12:00–12:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 12:00–12:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 12:00–12:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 11:00–11:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 11:00–11:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. St 11:00–11:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. St 11:00–11:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. St 11:00–11:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 11:00–11:50 C04/211

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Metody hodnocení

Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači. Zkouška - ústní.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Metody hodnocení

Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači. Zkouška - ústní.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Metody hodnocení

Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači. Zkouška - ústní.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie.
Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování.
Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny.
Molekulární nahrazení (MR).
Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains".
Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie.
Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování.
Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny.
Molekulární nahrazení (MR).
Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains".
Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie.
Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování.
Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny.
Molekulární nahrazení (MR).
Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains".
Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/1/0. 3 kr. Ukončení: zk.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Výukové metody

Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.

Metody hodnocení

Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen porozumět a vysvětlit základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy. Kromě teorie monokrystalové difrakce se zde věnujeme i přístroj. výbavě používané při difrakčním experimentu a metodám používaným při vyhodnocování experimentálních dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Metody hodnocení

Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači. Zkouška - ústní.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

CB070 Proteinová krystalografie

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie.
Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování.
Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny.
Molekulární nahrazení (MR).
Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains".
Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze.

Osnova

• Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
• Difrakce na krystalu
• Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
• Fázový problém
• Pattersonovské a přímé metody
• Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
• Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
• Příprava proteinových krystalů
• Proteiny a metody kovových derivátů
• Molekulární nahrazení
• Upřesňování proteinových strukturních modelů
• Krystalografické databáze

Literatura

• MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
• GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• CB080 Proteinová krystalografie - seminář
  NOW(CB070)  

• Statistika zápisu (nejnovější)