CB070 Proteinová krystalografie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 12:00–12:50 C04/211
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na předmět CB070 navazuje cvičení CB080.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu student bude: - schopen porozumět a vysvětlit principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy - seznámen se stručnou historií rtg. krystalografie - seznámen s přístrojovou instrumentací rtg. krystalografie - znát základní postupy rtg. krystalografie - seznámen s praktickými příklady
Osnova
  • Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
  • Difrakce na krystalu
  • Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
  • Fázový problém
  • Pattersonovské a přímé metody
  • Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
  • Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
  • Příprava proteinových krystalů
  • Proteiny a metody kovových derivátů
  • Molekulární nahrazení
  • Upřesňování proteinových strukturních modelů
  • Krystalografické databáze
Literatura
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
Výukové metody
Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.
Metody hodnocení
Zkouška - ústní. Domácí práce prováděná na počítači.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 1999, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024.