CB070 Proteinová krystalografie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2005
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie.
Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování.
Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny.
Molekulární nahrazení (MR).
Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains".
Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze.
Osnova
  • Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
  • Difrakce na krystalu
  • Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
  • Fázový problém
  • Pattersonovské a přímé metody
  • Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
  • Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
  • Příprava proteinových krystalů
  • Proteiny a metody kovových derivátů
  • Molekulární nahrazení
  • Upřesňování proteinových strukturních modelů
  • Krystalografické databáze
Literatura
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 1999, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.