PřF:CB070 Proteinová krystalografie - Informace o předmětu
CB070 Proteinová krystalografie
Přírodovědecká fakultapodzim 2007
- Rozsah
- 1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analytická chemie (program PřF, D-CH) (2)
- Anorganická chemie (program PřF, D-CH) (2)
- Fyzikální chemie (program PřF, D-CH) (2)
- Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
- Chemie životního prostředí (program PřF, D-CH) (2)
- Organická chemie (program PřF, D-CH) (2)
- Cíle předmětu
- Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie.
Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování.
Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny.
Molekulární nahrazení (MR).
Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains".
Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze. - Osnova
- Symetrie látek. Interakce rtg. záření s látkou
- Difrakce na krystalu
- Zdroje a detektory rtg. záření, Difraktometry
- Fázový problém
- Pattersonovské a přímé metody
- Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
- Programy SHELXS a SHELXL, CNS a CCP4
- Příprava proteinových krystalů
- Proteiny a metody kovových derivátů
- Molekulární nahrazení
- Upřesňování proteinových strukturních modelů
- Krystalografické databáze
- Literatura
- MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
- GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (podzim 2007, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2007/CB070