C2137 Pokročilá chemoinformatika - seminář

Faculty of Science
Autumn 2016
Extent and Intensity
0/1. 1 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (lecturer)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer)
RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D. (seminar tutor)
Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D. (assistant)
Sushil Kumar Mishra, Ph.D. (assistant)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Supplier department: National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives
QSPR modelování: Návrh QSPR modelu avpro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.). Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů. Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Syllabus (in Czech)
  • QSPR modelování: Návrh QSPR modelu avpro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.).
    Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů.
    Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Literature
  • • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
  • • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
  • Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
  • Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
Teaching methods (in Czech)
řešení příkladů
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
Study Materials
The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught once in two years.
The course is taught: in blocks.
The course is also listed under the following terms Spring 2008 - for the purpose of the accreditation, Autumn 2011 - acreditation, Autumn 2013, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023, Autumn 2024.
  • Enrolment Statistics (Autumn 2016, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2016/C2137