Bi7311 Praktikum z molekulární biologie prokaryot

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucie Kuntová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (cvičící)
Ing. Sylva Koudelková, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 13:00–16:50 E25/119, St 8:00–8:50 E25/119
  • Rozvrh seminárních/paralelních skupin:
Bi7311/01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. L. Kuntová, I. Mašlaňová
Bi7311/02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. S. Koudelková, L. Kuntová, I. Mašlaňová
Předpoklady
( B2050 Obecná mikrobiologie || Bi2050c Zákl. obecné mikrobiologie cv. || B4070 Obecná mikrobiologie || B4090 Obecná mikrobiologie || Bi4090c Obecná mikrobiologie - cv. ) && NOW( Bi7120 Molekulární biologie prokaryot )
Předpokladem je absolvování přednášky z molekulární biologie prokaryot. Praktické úlohy vyžadují znalost mikrobiologických a základních molekulárních technik.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 32 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 9/32, pouze zareg.: 0/32
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem praktika je osvojení základních molekulárně biologických metod používaných pro analýzu prokaryotického genomu, metod z genetiky bakterií a pochopení principů horizontálního přenosu genů. Studenti se seznámí s analýzami pro identifikaci změn v prokaryotických genomech vlivem mutací, horizontálního přenosu genů transdukcí, konjugací a transformací, což prakticky doplní náplň přednášek z Molekulární biologie prokaryot (Bi7120). Studenti pochopí mechanismy evoluce prokaryot v praxi a získají přehled o technikách využitelných k manipulaci bakteriálních genomů.
Výstupy z učení
Na konci kurzu budou studenti schopni navrhnout a provádět základní experimenty zaměřené na genetické studie modelových mikroorganismů E. coli a vybraných druhů grampozitivních koků.
Osnova
  • 1. Purifikace fágových částic pomocí ultracentrifugace v gradientu CsCl. Objektem bude stafylokokový bakteriofág phi812 s potenciálním využitím ve fágové terapii.
  • 2. Transdukce. Přenos plazmidových genů rezistence prostřednictvím temperovaného bakteriofága. Temperovaný fág phiJB bude v rámci cvičení indukován pomocí UV záření. Připrava transdukujicího lyzátu, výpočet frekvence transdukce a ověření přenosu faktorů rezistence v populaci bakterií.
  • 3. Stanovení počtu kopií plazmidů (PCN) pomocí qPCR.
  • 4. Pulzní gelová elektroforéza.
  • 5. Konjugace u kmenů E. coli.
  • 6. Transformace plazmidové DNA pomocí elektroporace. Stanovení frekvence vzniku transformant.
  • 7. Sledování exprese fágového endolyzinu. Izolace RNA, přepis RNA do cDNA, separace proteinů metodou SDS-PAGE.
  • 8. Izolace spontálních mutant Staphylococcus aureus rezistentních k antibiotikům na gradientních plotnách.
Literatura
  • SNYDER, Larry a Wendy CHAMPNESS. Molecular genetics of bacteria. 2nd ed. Washington: ASM Press, 2003, xvi, 566. ISBN 155581204X. info
  • MILLER, Jeffrey H. A Short course in bacterial genetics : a laboratory manual and handbook for Escherichia coli and related bacteria. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1992, 456 s. ISBN 0879693495. info
  • ROSYPAL, Stanislav. Obecná bakteriologie. 1. vyd. Praha: Státní pedagogické nakladatelství, 1981, 749 s. info
Výukové metody
Výuka probíhá polovinu semestru v dvojnásobné hodinové dotaci, ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.