Bi7311 Praktikum z molekulární biologie prokaryot

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Kupčíková, DiS. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17. 9. až Pá 14. 12. Út 10:00–13:50 E25/119, Čt 8:00–9:50 E25/119
Předpoklady
( B2050 Obecná mikrobiologie || Bi2050c Zákl. obecné mikrobiologie cv. || B4070 Obecná mikrobiologie || B4090 Obecná mikrobiologie || Bi4090c Obecná mikrobiologie - cv. ) && NOW( Bi7120 Molekulární biologie prokaryot )
Předpokladem je absolvování přednášky z molekulární biologie prokaryot. Praktické úlohy vyžadují znalost mikrobiologických a základních molekulárních technik.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 32 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/32, pouze zareg.: 0/32
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem praktika je osvojení základních molekulárně biologických metod používaných pro analýzu prokaryotického genomu, metod z genetiky bakterií a pochopení principů horizontálního přenosu genů. Studenti se seznámí s analýzami pro identifikaci změn v prokaryotických genomech vlivem mutací, horizontálního přenosu genů transdukcí, konjugací a transformací, což prakticky doplní náplň přednášek z Molekulární biologie prokaryot (Bi7120). Studenti pochopí mechanismy evoluce prokaryot v praxi a získají přehled o technikách využitelných k manipulaci bakteriálních genomů.
Výstupy z učení
Na konci kurzu budou studenti schopni navrhnout a provádět základní experimenty zaměřené na genetické studie modelových mikroorganismů E. coli a vybraných druhů grampozitivních koků.
Osnova
  • 1. Purifikace fágových částic pomocí ultracentrifugace v gradientu CsCl. Objektem bude stafylokokový bakteriofág phi812 s potenciálním využitím ve fágové terapii.
  • 2. Transdukce. Přenos plazmidových genů rezistence prostřednictvím temperovaného bakteriofága. Temperovaný fág phiJB bude v rámci cvičení indukován pomocí UV záření. Připrava transdukujicího lyzátu, výpočet frekvence transdukce a ověření přenosu faktorů rezistence v populaci bakterií.
  • 3. Stanovení počtu kopií plazmidů (PCN) pomocí qPCR.
  • 4. Pulzní gelová elektroforéza.
  • 5. Konjugace u kmenů E. coli.
  • 6. Transformace plazmidové DNA pomocí elektroporace. Stanovení frekvence vzniku transformant.
  • 7. Sledování exprese fágového endolyzinu. Izolace RNA, přepis RNA do cDNA, separace proteinů metodou SDS-PAGE.
  • 8. Izolace spontálních mutant Staphylococcus aureus rezistentních k antibiotikům na gradientních plotnách.
Literatura
  • SNYDER, Larry a Wendy CHAMPNESS. Molecular genetics of bacteria. 2nd ed. Washington: ASM Press, 2003, xvi, 566. ISBN 155581204X. info
  • MILLER, Jeffrey H. A Short course in bacterial genetics : a laboratory manual and handbook for Escherichia coli and related bacteria. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1992, 456 s. ISBN 0879693495. info
  • ROSYPAL, Stanislav. Obecná bakteriologie. 1. vyd. Praha: Státní pedagogické nakladatelství, 1981, 749 s. info
Výukové metody
Výuka probíhá polovinu semestru v dvojnásobné hodinové dotaci, ve výzkumných laboratořích oddělení genetiky a molekulární biologie. Studenti provádějí praktické úlohy podle tištěných návodů a instrukcí vyučujících.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech úloh, zápočtového testu a odevzdání protokolů.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.